La muestra:
Debe ser representativa del lote del producto. No debe sufrir daño o transformación durante el transporte y almacenamiento. Debe protegerse de contaminaciones externas ocasionadas por el aire, el recipiente de muestreo, los equipos de toma de muestra o por una incorrecta manipulación. Debería (siempre que sea posible) enviarse al laboratorio en su recipiente original, sin abrir.
Si el producto es voluminoso, se transfiere en condiciones asépticas, una porción a un recipiente estéril (potes de boca ancha de plástico o vidrio o bolsas de plástico desechables con capacidad adecuada) El recipiente no debería llenarse en más de tres cuartas partes de su capacidad para evitar posibles vertidos y favorecer el mezclado en el laboratorio.
Utensilios para el muestreo: cucharas, sacabocados, espátulas, taladros, cuchillos, pipetas, siempre estériles y escogidos de acuerdo a la naturaleza del alimento.
La muestra debe ser identificada de manera clara y completa. Información mínima necesaria para el laboratorio:
Naturaleza del alimento.
Peso de la muestra.
Fecha, lugar y hora del muestreo.
Razones del muestreo.
Temperatura del producto en el momento del muestreo.
Temperatura de recepción
Transporte de la muestra
Debe asegurarse que se minimice la alteración en el número de microorganismos presentes. La muestra se envía al laboratorio con prontitud, manteniendo dentro de lo posible, las condiciones de almacenamiento originales. Debe empaquetarse de forma que se eviten roturas o derrames. Las muestras que necesitan refrigeración o congelación deben transportarse en contenedores aislantes, con refrigerantes o nieve carbónica (hielo seco), a fin de mantener las temperaturas de transporte respectivas.